La organización de las JAEM cuenta con un Comité de Programa que tiene la misión de establecer las directrices científicas de las Jornadas. Dicho comité hace una propuesta de conferencias plenarias y de paneles de trabajo sobre los que deben pivotar los temas centrales de las Jornadas. Por otra parte, la Sociedad organizadora nombra un Comité Organizador que es el encargado de dar forma al contenido de las Jornadas y de complementar las directrices dadas por el Comité de Programa. La estructura organizativa de este evento se compone de: